Genel Sekreterlik Ajansın icra organıdır. Genel Sekreterlik bünyesinde Yönetim Kuruluna karşı sorumlu olan Genel Sekreter ve Genel Sekreterin maiyetinde çalışan uzmanlar ve destek personeli bulunmaktadır. Ajansımız Genel Sekreterliği bünyesinde istihdam edilmek üzere 30 uzman personel ve 6 destek personeli alımı için ilana çıkılmıştır.
Genel Sekreterimiz Dr. Rıfat ALTAN, Ajansımız Yönetim Kurulu’nun teklifi ve Devlet Planlama Teşkilatı’nın onayı ile atanarak 17 Aralık 2009 tarihinde görevine başlamıştır.

Genel Sekreterin Görev Ve Yetkileri

a) Yönetim kurulu kararlarını uygulamak,
b) Yıllık çalışma programı ile bütçeyi hazırlamak ve yönetim kuruluna sunmak,
c) Ajans gelirlerini toplamak, 5449 sayılı Kalkınma Ajanslarının Kuruluşu, Koordinasyonu ve Görevleri Hakkında Kanunun 4 üncü maddesine göre belirlenen usul ve esaslar ile ilgili diğer mevzuata ve bütçe ve yönetim kurulu kararlarına uygun olarak harcamaları yapmak,
ç) Yönetim kurulu tarafından tespit edilecek sınırlar içerisinde, taşıt dışındaki taşınır malların alımına, satımına, kiralanmasına ve hizmet alımına karar vermek,
d) Bölgedeki kişi, kurum ve kuruluşların proje üretme ve uygulama kapasitesini geliştirici faaliyetlerde bulunmak,
e) Özel kesim, sivil toplum kuruluşları ve yerel yönetimlerin proje ve faaliyet tekliflerini değerlendirerek, malî destek sağlamak üzere yönetim kuruluna öneri götürmek,
f) Desteklenen proje ve faaliyetleri izlemek, değerlendirmek, denetlemek ve raporlamak,
g) Bölgesel kalkınmayla ilgili yurt içindeki ve dışındaki ajans ve kuruluşlarla işbirliği yapmak ve ortak projeler geliştirmek,
ğ) Yerel yönetimlerin plânlama çalışmalarına teknik destek sağlamak,
h) Personelin performans ölçütlerini belirlemek ve performansını değerlendirmek,
ı) Personelin işe alınması ve işine son verilmesini yönetim kuruluna teklif etmek,
i) Ajans genel sekreterliğini temsilen, bölgesel gelişme ile ilgili ulusal ve uluslararası toplantılara katılmak ve yurt dışı temaslarda bulunmak,
j) Ajansın sekreterya işlerini ve görev alanına giren diğer hizmetleri yürütmek,
k) Yönetim kurulunun devrettiği yetkileri kullanmak,
l) Yönetim kurulu toplantılarına katılmak,
m) Program, proje ve faaliyetlerin desteklenmesi ile kişi ve kuruluşlara yapılacak yardımlara ilişkin olarak yönetim kuruluna teklif sunmak,
n) Bütçe sonuçlarını bütçe döneminin bitiminden sonraki Mart ayı içinde yönetim kuruluna sunmak,
o) Ajansın faaliyetleri, hesapları, işlemleri ve performansını denetlemek ve kalkınma kuruluna ve yönetim kuruluna iç denetim raporu sunmak.