Ajansın organizasyon yapısı 5449 sayılı Kanun'un 7'nci maddesinde belirtilmiştir. Buna göre; Ajans Kalkınma Kurulu, Yönetim Kurulu, Genel Sekreterlik ve Yatırım Destek Ofisinden müteşekkildir. Aynı kanunun ilgili maddelerine göre Yönetim Kurulu karar organı, Kalkınma Kurulu danışma organı, Genel Sekreterlik icra organıdır. Kalkınma Ajansları Çalışma Usul ve Esasları Hakkında Yönetmeliğin 29. Maddesi gereğince Yönetim Kurulu'nun 16.12.2009 tarih ve 2009/5 sayılı kararı ile Ajansın teşkilat şeması aşağıda verilmektedir.
